Qu'est-ce que la flore intestinale ? Définition du microbiote de l'intestin

La flore intestinale désigne l'immense communauté de micro-organismes qui vivent dans notre tube digestif, principalement dans le côlon : des bactéries en très grande majorité, mais aussi des levures, des virus qui infectent ces bactéries et d'autres microbes encore mal connus. Longtemps considérée comme un simple résidu de la digestion, elle est aujourd'hui reconnue comme un véritable partenaire de l'organisme, qui participe à la digestion des fibres, à la production de certaines vitamines, à la protection contre les germes pathogènes et à l'éducation du système immunitaire. Les scientifiques préfèrent désormais parler de microbiote intestinal, le terme « flore » datant d'une époque où l'on rangeait les bactéries parmi les végétaux. Les progrès du séquençage génétique, depuis le début des années 2000, ont permis d'en dresser un portrait beaucoup plus précis et de multiplier les recherches sur ses liens avec l'obésité, le diabète, les maladies inflammatoires de l'intestin ou même l'humeur. Beaucoup de ces pistes restent toutefois à confirmer, et le sujet attire aussi de nombreuses promesses commerciales. Cette définition fait le point sur la composition de la flore intestinale, ses rôles, ce qui la perturbe, les moyens réalistes d'en prendre soin et ce que l'on sait vraiment de son implication dans les maladies.

Qu'est-ce que la flore intestinale ? Définition du microbiote intestinal

La flore intestinale est l'ensemble des micro-organismes qui colonisent l'intestin de façon durable. Les estimations les plus récentes évaluent le nombre de bactéries hébergées par un adulte à plusieurs dizaines de milliers de milliards, soit à peu près autant que de cellules humaines dans le corps, contrairement au rapport de dix pour un longtemps répété. Leur densité augmente fortement le long du tube digestif : faible dans l'estomac, en raison de l'acidité, modérée dans l'intestin grêle, elle devient considérable dans le côlon, où le transit est lent et où les résidus alimentaires non digérés offrent une nourriture abondante. On y dénombre plusieurs centaines d'espèces chez chaque personne, appartenant surtout à quelques grandes familles (les Firmicutes, les Bacteroidetes, les Actinobacteria dont font partie les bifidobactéries, et les Proteobacteria). Il ne faut pas confondre le microbiote, qui désigne les micro-organismes eux-mêmes, et le microbiome, terme qui renvoie plutôt à l'ensemble de leurs gènes ou à leur environnement. La composition exacte de la flore intestinale est propre à chaque individu, un peu comme une empreinte, mais les fonctions qu'elle assure sont largement partagées : des espèces différentes peuvent remplir le même rôle, ce qui donne à cet écosystème une certaine robustesse face aux perturbations.

Comment se constitue la flore intestinale au cours de la vie ?

La flore intestinale se met en place dès la naissance. Le mode d'accouchement influence les premières bactéries rencontrées : le nouveau-né né par voie basse est d'abord colonisé par des microbes d'origine maternelle, vaginale et digestive, tandis qu'après une césarienne les premières bactéries proviennent davantage de la peau et de l'environnement, des différences qui s'atténuent ensuite. L'allaitement maternel joue un rôle important, car le lait contient des sucres complexes que le bébé ne digère pas lui-même mais qui nourrissent sélectivement les bifidobactéries. La diversification alimentaire, l'environnement familial, les animaux domestiques et les éventuels traitements antibiotiques façonnent ensuite cet écosystème, qui atteint vers l'âge de deux à trois ans une composition proche de celle de l'adulte. À l'âge adulte, la flore reste relativement stable, tout en variant au gré de l'alimentation, des voyages, des médicaments ou des maladies, et elle a la capacité de se reconstituer en grande partie après une perturbation passagère. Avec le grand âge, sa diversité tend à diminuer, en lien avec les modifications de l'alimentation, la prise de médicaments et la baisse d'activité physique. Ces étapes expliquent pourquoi les chercheurs s'intéressent particulièrement aux premiers mois de la vie, période où se construit l'équilibre entre l'organisme et ses microbes.

À quoi sert la flore intestinale ? Ses rôles dans la santé

La première fonction de la flore intestinale est digestive. Nos enzymes ne savent pas découper une grande partie des fibres alimentaires présentes dans les légumes, les fruits, les légumineuses et les céréales complètes ; arrivées intactes dans le côlon, ces fibres sont fermentées par les bactéries, qui en tirent leur énergie et produisent en retour des acides gras à chaîne courte, comme le butyrate, l'acétate et le propionate. Le butyrate constitue la principale source d'énergie des cellules qui tapissent le côlon et contribue à entretenir l'étanchéité de la paroi intestinale ; les autres acides gras passent dans le sang et participent à la régulation du métabolisme. Certaines bactéries fabriquent aussi des vitamines, notamment de la vitamine K et des vitamines du groupe B, et transforment les acides biliaires ou certains médicaments. La flore exerce enfin un effet barrière : en occupant l'espace et en consommant les nutriments disponibles, les bactéries résidentes empêchent les germes pathogènes de s'installer, et certaines produisent des substances qui freinent leur développement. Cette protection explique pourquoi un traitement antibiotique, en réduisant la flore, peut favoriser la prolifération de germes indésirables, comme la bactérie Clostridioides difficile, responsable de diarrhées parfois sévères.

Flore intestinale, immunité et axe intestin-cerveau

L'intestin abrite une grande partie des cellules immunitaires de l'organisme, et la flore intestinale participe à leur apprentissage dès la petite enfance : au contact des bactéries résidentes, le système immunitaire apprend à tolérer les microbes inoffensifs et les aliments, tout en restant capable de réagir face aux agents pathogènes. Les études chez l'animal élevé sans aucun microbe montrent d'ailleurs un système immunitaire intestinal immature. Chez l'humain, des modifications de la flore sont observées dans de nombreuses maladies, comme les maladies inflammatoires chroniques de l'intestin, certaines allergies, l'obésité ou le diabète de type 2. Les chercheurs explorent aussi l'axe intestin-cerveau, c'est-à-dire les échanges entre le tube digestif, ses microbes et le système nerveux, par l'intermédiaire du nerf vague, d'hormones et de molécules produites par les bactéries, avec des pistes concernant le stress, l'anxiété ou la dépression. Il faut toutefois rester prudent : dans la plupart des cas, on observe une association entre une flore modifiée et une maladie, sans savoir si la flore en est une cause, une conséquence ou un simple témoin. Les résultats spectaculaires obtenus chez la souris ne se vérifient pas toujours chez l'être humain, et beaucoup de ces travaux en sont encore au stade de la recherche.

Qu'est-ce qu'une dysbiose de la flore intestinale ?

On appelle dysbiose un déséquilibre de la flore intestinale : perte de diversité, diminution de certaines familles de bactéries bénéfiques ou, à l'inverse, prolifération d'espèces potentiellement nuisibles. Ce terme, très employé dans les magazines et sur les sites de bien-être, doit être manié avec précaution, car il n'existe pas à ce jour de définition unique d'une flore « normale » ni d'analyse de selles validée pour diagnostiquer une dysbiose chez une personne donnée ; les tests de microbiote vendus directement au public ne permettent pas de poser un diagnostic ni de guider un traitement. Plusieurs facteurs sont néanmoins connus pour modifier la flore. L'alimentation est le plus important au quotidien : un régime pauvre en fibres et riche en produits ultra-transformés réduit la diversité bactérienne, alors qu'une alimentation variée et riche en végétaux la favorise. Les antibiotiques, certains autres médicaments comme les inhibiteurs de la pompe à protons, les infections digestives, le tabac, la sédentarité, le stress et le manque de sommeil jouent également un rôle. Le tableau ci-dessous résume ces influences en précisant le niveau de certitude, car toutes ne sont pas établies avec la même solidité.

Antibiotiques et flore intestinale

Les antibiotiques sont des médicaments indispensables, mais ils ne font pas la différence entre les bactéries responsables d'une infection et celles de la flore intestinale. Un traitement entraîne souvent une chute de la quantité et de la diversité des bactéries intestinales, ce qui explique la fréquence des diarrhées sous antibiotiques. Dans la plupart des cas, la flore se reconstitue en quelques semaines après l'arrêt, mais certaines espèces peuvent mettre beaucoup plus longtemps à revenir, voire disparaître, surtout après des traitements répétés. Cela ne signifie pas qu'il faille renoncer à un antibiotique prescrit, qu'il faut au contraire prendre jusqu'au bout selon les indications du médecin, mais justifie la règle rappelée par les autorités de santé : les antibiotiques ne sont utiles que contre les infections bactériennes, et non contre les virus responsables de la plupart des rhumes, des bronchites et des angines de l'enfant. Une diarrhée abondante, avec fièvre, douleurs abdominales ou présence de sang, pendant ou après un traitement antibiotique, doit faire consulter rapidement, car elle peut traduire une infection à Clostridioides difficile. Pour les formes récidivantes de cette infection, la transplantation de microbiote fécal, qui consiste à réimplanter la flore d'un donneur sain, a montré une efficacité solide et fait partie des traitements reconnus, réalisés uniquement dans un cadre hospitalier.

Comment prendre soin de sa flore intestinale ?

Le moyen le mieux démontré de soutenir sa flore intestinale reste une alimentation riche et variée en végétaux. Les fibres, présentes dans les légumes, les fruits, les légumineuses (lentilles, pois chiches, haricots), les céréales complètes, les oléagineux et les graines, constituent la nourriture principale des bactéries du côlon ; plus leurs sources sont diversifiées, plus la flore tend à l'être aussi. Certaines fibres particulières, comme l'inuline de la chicorée, de l'ail, de l'oignon, du poireau ou de l'artichaut, sont qualifiées de prébiotiques parce qu'elles favorisent sélectivement des bactéries bénéfiques ; l'amidon résistant, présent dans les pommes de terre ou le riz cuits puis refroidis, joue un rôle comparable. Les aliments fermentés, comme les yaourts, le kéfir, la choucroute crue ou certains fromages, apportent des micro-organismes vivants et peuvent trouver leur place dans une alimentation équilibrée. À l'inverse, il est conseillé de limiter les produits ultra-transformés, l'excès de viande rouge et de charcuterie, ainsi que l'alcool. L'augmentation des fibres doit être progressive, car un changement brutal peut provoquer des ballonnements passagers. Une activité physique régulière, un sommeil suffisant, l'arrêt du tabac et un usage raisonné des antibiotiques complètent ces mesures simples, qui profitent à la santé dans son ensemble.

Probiotiques et compléments : ce qu'en dit la science

Les probiotiques sont des micro-organismes vivants qui, administrés en quantité suffisante, peuvent avoir un effet bénéfique pour la santé. Le marché des compléments qui en contiennent est en pleine expansion, mais les preuves d'efficacité sont très inégales. Chaque souche bactérienne a des effets propres, et les résultats obtenus avec l'une ne peuvent pas être généralisés à toutes. Certaines indications sont relativement bien étayées, comme la réduction du risque de diarrhée liée aux antibiotiques avec des souches précises, ou le soulagement de certains symptômes du syndrome de l'intestin irritable chez une partie des patients. Pour la plupart des autres promesses, renforcement de l'immunité, perte de poids, amélioration de l'humeur ou « détoxification », les données sont insuffisantes. Chez une personne en bonne santé, rien ne démontre l'intérêt de prendre des probiotiques au long cours, et les bactéries ingérées ne s'installent généralement pas durablement dans l'intestin. Ces produits sont en général bien tolérés, mais ils sont déconseillés sans avis médical chez les personnes immunodéprimées, porteuses d'un cathéter ou gravement malades. Les cures « nettoyantes », lavements du côlon et régimes d'exclusion sévères, parfois présentés comme des moyens de « rééquilibrer » la flore, n'ont pas fait la preuve de leur intérêt et peuvent au contraire la perturber.

Flore intestinale et maladies : quand consulter ?

Une flore intestinale perturbée ne se manifeste pas par des symptômes spécifiques, et les troubles digestifs courants, ballonnements, gaz ou transit irrégulier, ont des causes très diverses : alimentation, stress, intolérances, syndrome de l'intestin irritable ou, plus rarement, maladie organique. Mieux vaut donc éviter l'autodiagnostic de « dysbiose » et consulter son médecin lorsque les troubles persistent ou changent de nature. Certains signes d'alerte justifient une consultation rapide : diarrhée qui dure plus de quelques jours ou survient la nuit, sang dans les selles ou selles noires, amaigrissement inexpliqué, fièvre, douleurs abdominales intenses ou qui réveillent, anémie, modification durable du transit après cinquante ans, ou antécédents familiaux de cancer colorectal. Une douleur abdominale brutale et violente, des vomissements incoercibles ou une déshydratation importante relèvent de l'urgence (15 ou 112). Le médecin pourra prescrire les examens utiles, comme une analyse de sang, une recherche de germes dans les selles ou une coloscopie. Les recherches sur le microbiote ouvrent des perspectives dans plusieurs maladies digestives chroniques, en particulier les maladies inflammatoires de l'intestin comme la maladie de Crohn, où une flore appauvrie est fréquemment observée, mais ces pistes ne remplacent pas les traitements dont l'efficacité est aujourd'hui établie.